En los últimos años, en la cabecera de cuenca del Río Chubut la precipitación ha resultado deficitaria, y los caudales del río estuvieron por debajo de los valores medios históricos desde el año 2010.
Está pronosticado que el cambio climático para finales de siglo provocará una disminución del orden del 40 % en la disponibilidad del agua en las nacientes que, por supuesto, repercutirá en el caudal del río, única fuente de agua dulce que alimenta al Valle Inferior y Puerto Madryn  
Las principales reservas comprobadas de agua subterránea de la provincia, acuíferos Gastre y Sacana, se encuentran en los departamentos donde se pretende habilitar explotaciones a cielo abierto de minerales metalíferos. Su calidad no es muy buena, algo dura para consumo humano, no obstante, debe tratar de preservarse.
Uno de los efectos más comunes del cambio climático es el aumento de la frecuencia de lluvias extraordinarias y épocas de sequías con el consecuente avance de la desertificación. En este escenario, el CONICET advierte que la megaminería introduce otro factor de riesgo frente al recurso de por si vulnerable.
“La vulnerabilidad de un recurso tan valioso como el agua en contextos de cambio climático, desertificación, expansión y aumento de la población, debe estar evaluado por estudios transdisciplinares previos a cualquier innovación de intervención antrópica en la región”. (Textual del informe del CONICET-CEMPAT).
Continúa el informe del CENPAT: “La dependencia del Estado de los capitales privados e intereses mineros sobre una estructura preexistente de gobernanza débil y fragmentada de los recursos naturales, genera desconfianza y preocupación. Esta situación no se revertirá con la creación de observatorios, centros de gestión y mesas de desarrollo fragmentarios y sin autarquía”. (textual).
Las poblaciones de la meseta se abastecen de perforaciones que captan el agua de los acuíferos mencionados o de pequeñas vertientes. Hay dos cursos superficiales, los arroyos Telsen y Perdido, cuyos caudales, cuando no están secos, son escasos, y en ocasiones de difícil potabilización.
Si comparamos el río Chubut con otros patagónicos, como el Negro y el Santa Cruz, vemos que su caudal es escaso y que presenta importantes variaciones a lo largo del año, y de un año a otro. En veranos secos, cuatro quintas partes se utilizan para el riego del Valle.
El hallazgo de grandes reservas de agua subterránea aún no explotadas en la Meseta Central es un hecho considerable. Existen estimaciones de la recarga anual que es preciso estudiar en profundidad antes de resolver un significativo aprovechamiento. El CFI ha iniciado un estudio que aún debe completarse. Los datos de estaciones hidrometeorológicas en la zona son casi inexistentes, no permiten conclusiones válidas.    
Los estudios realizados y publicados por empresas mineras interesadas en su aprovechamiento deben necesariamente tomarse con pinzas, y confirmarse con estudios independientes antes de conceder extracciones importantes.

Fuente: El Chubut